Các công cụ sau có thể không chỉ ninja mới sử dụng, nhưng chúng thường được kết hợp với việc luyện tập ninjutsu.

Vũ khí có khớp nối và ghép

• Kusarigama – kama (Tỏa liêm) được gắn với một quả tạ bằng một sợi dây thừng hoặc dây xích.
• Kyoketsu-shoge - (Cự bạt thiệp mao phi tiêu dây móc câu, đầu còn lại có một chiếc vòng kim loại.
• Bō - gậy gỗ dài 9090 cm hoặc 3 ft (Han Bo - Bán bổng), 120120 cm hoặc 4 ft và 150150 cm hoặc 5 ft (Jō - Trượng) và 180180 cm hoặc 6 ft (Rokushakubō - Lục xích bổng: gậy 6 thước).
• Kusari-fundo (Tỏa phân đồng), còn được gọi là manriki (vạn lực) hoặc manriki-gusari (vạn lực liên)– một dây xích với tạ nhỏ ở hai đầu.

Vũ khí đấm tay

• Kakute  (Giác thủ)– một loại nhẫn giống như nhẫn hiện nay nhưng nó có gai nhọn được giấu và được tẩm độc, thường được các kunoichi (nữ ninja) đeo, và cho phép các ninja lặng lẽ bóp nghẹt cổ kẻ thù với các đầu nhọn đâm vào cổ hoặc cổ họng.
• Shobo – một vũ khí sắc nhọn dùng để đâm, hình dạng giống kubotan và yawara, nhưng thường có nhẫn để đeo nằm ở giữa.
• Shuriken (Thủ lý kiếm) – những vũ khí cầm tay nhỏ bao gồm cả phi tiêu, ám khí, lưỡi dao, có thể dùng để rạch, đâm hoặc ném.
• Kubotan hay "que cầm tay" – được sử dụng chủ yếu để điểm huyệt và chinh phục đối thủ.
• Tekko (Thiết giáp) – phiên bản thời kỳ đầu của "tay gấu" hay" quả đấm (brass knuckles).
• Tessen – quạt xếp có nan bằng sắt. Nó có thể được dùng để đánh hoặc cắt và chém kẻ thù.
• Jitte (Thập thủ) – một loại vũ khí tương tự như sai (thoa).

Vũ khí từ công cụ biến đổi

• Kunai (Khổ vô) – một công cụ đa năng.
• Shikoro – được dùng như một công cụ để mở cửa và đâm hoặc chém.

Vũ khí phóng

• Fukiya (Xuy thuy)– một loại ống xì đồng của Nhật Bản, đặc thù để bắn phi tiêu độc.
• Makibishi (Tản lăng) / Tetsubishi  (Thiết lăng) – chông sắt kiểu Nhật.
• Shuriken (Thủ lý kiếm) – như đã nêu ở trên, những vũ khí cầm tay nhỏ bé này có thể dùng để ném.
• Yumi (Cung) và Ya (Thi) – Cung và tên truyền thống của Nhật.
• Bo-hiya (Bổng hỏa thi) – mũi tên lửa.
• Tekagi-shuko (Thủ câu - thủ công) và Neko-te (Miêu thủ) – vũ khí có móng vuốt đeo tay.
• Chakram – vật ném có dạng giống cái đĩa được dùng làm vũ khí ném hoặc đánh tay đôi.

Gậy gộc và giáo mác

• Hanbō, bō, jō, và Tambō – gậy nhiều kích thước.
• Yari (Thương) – một loại giáo Nhật Bản cổ, tương tự như naginata (thế đao).
• Nagamaki (Trường quyển) – một loại giáo có phần lưỡi và phần tay cầm có chiều dài bằng nhau.
• Naginata (Thế đao) – một loại giáo Nhật Bản cổ được phụ nữ và samurai sử dụng.

Kiếm

• Katana – một cong dài và duy nhất, gươm hai lưỡi thường được sử dụng bởi samurai hay ninja người ngụy trang mình như samurai.
• Thanh – một thanh đoản kiếm đó có thể được ẩn trên các ninja's cơ thể, còn một bản sao lưu vũ khí.
• Ninjatō – một lưỡi vũ khí được sử dụng bởi ninja như kiếm. Ninjatō có thể bị đánh cắp katana từ samurai hay giả mạo của ninja mình với độ dài khác nhau. Có nghi ngờ một số là có hay không ninja thực sự sử dụng như kiếm.
• Tantō – một con dao găm.
• Kaiken – tương tự như tantō.
• Bokken – một truyền thống thanh kiếm gỗ được sử dụng trong võ thuật Nhật bản, thường mô hình của những thanh kiếm.
• Shinai – một cây tre kiếm được sử dụng trong kendo.

Dụng cụ tàng hình

• Kaginawa hoặc móc – leo và Hojojutsu hợp công cụ mà cũng có thể là một tạm tàn tật móc vũ khí.
• Ninja shōzoku – có uy tín ninja quần áo.
• Ono – Nhật bản rìu và rìu.